在上述四个主功能模块的操作流程中，都伴随着“罚单”这个制度范畴，这是CMS作为指令管理运行平台的重要特点。可以说，没有制度上的“惩戒”，任何管理软件只能停留在“信息沟通”的简单技术层面上，而无法实现“指令有效从而组织有效”的根本目的。

CMS的罚单模块充分考虑了不同组织对处罚方式的不同“偏好”，既有“罚款”的刚性方式，也有“罚分”的柔性方式，可以任由组织在使用CMS过程中选择。以下是一种表现为警告性卡通的“柔性处罚方式”：

累计罚分达50分

累计罚分达200分

累计罚分达500分

显然，这种“游戏化”的惩罚方式，相比“直接罚款”的惩罚方式，效果要弱化很多，但相应负作用也要小一些。除此之外，还有“罚分排行榜”等方式，在此不一一介绍。

某组织成员接到罚单后，如果他认为有客观理由去解释形成罚单的原因，他可以在罚单模块中进行“申诉”操作，申诉理由将会提交有关管理人员和上级领导，一经审核认定，原罚单撤销。这充分体现了CMS“实事求是、宽严并济”的人性化管理特性。